Перлиною Музею рідкісної книги є нечисленна, але надзвичайно цікава з наукового та історико-культурного погляду збірка кириличних стародруків ХУІІ-ХІХ ст., яка нараховує сьогодні 182 одиниці зберігання, у тому числі: ХУІІ ст. – 21 примірник, ХУІІІ ст. – 78 примірників, ХІХ - початку ХХ ст. – 73 примірники. Найдавніше кириличне видання, що входить до складу колекції, датується 1637 р. Це білоруське видання друкарні Кутеїнського монастиря твору «Про Варлаама та Іоасафа гісторія», що приписується грецькому письменнику ІХ-Х ст. Іоанну Дамаскіну. Що стосується верхньої хронологічної межі колекції, то у радянські часи за традицією було прийнято відносити до категорії стародруків кириличні видання до 1800 р. включно. Слід зауважити, що при комплектуванні нашої колекції ми вирішили дотримуватися точки зору тих книгознавців, що вважають за необхідне збирати подібні видання і більш пізнього часу. Зокрема, з огляду на масове нищення цих книжок у ХХ ст. та через те, що сьогодні лишається недостатньо вивченим книжковий репертуар кириличних друкарень ХІХ – початку ХХ ст. Отже, верхньою хронологічною межею колекції є 1915 рік. У колекції репрезентовано книжкову продукцію друкарень, що діяли на території України (друкарень Києво-Печерської та Почаївської Лаври, а також Новгород-Сіверської та Чернігівської друкарень Л.Барановича, Львівської друкарні ставропігійського інституту), Білорусі (друкарні Кутеїнського монастиря під м.Оршею та Могильовського братства), Росії (видання Друкарського Двору, Верхньої друкарні С.Полоцького та Синодальної друкарні), Молдови (друкарня Нямецького монастиря), а також Константинопольської та Бухарестської друкарень, що видавали книги болгарською та волоською мовами.
Напрестольне Євангеліє з Ніжинського Благовіщенського монастиря. – Москва: Друкарський двір, 1689. Фоліант вагою 17,5 кг.
Переважну більшість кириличних стародруків ніжинської колекції становлять видання Святого Письма, богослужбові книги, а також зразки проповідницької, агіографічної, історико-церковної, навчально-довідкової літератури. Авторські твори представлені книгами Петра Могили («Православноє ісповіданіє віри», М., Друкарський двір, 1696), Кирила Транквіліона-Ставровецького («Євангеліє учительноє», Могильов, видання М.Вощанки, 1697), Єпифанія Славінецького («Бесіди на шестоднєв», твори св. отців у перекладі Є.Славінецького», М., Друкарський двір, 1665), Лазаря Барановича («Труби словіс проповідних», К.-Печ. Лавра, 1674), Симеона Полоцького («Псалтир царя Давида, рифмами переложенная», М., Верхня друкарня, 1681), Антонія Радивіловського («Вінець Христов», К.-Печ. Лавра, 1688), Стефана Яворського («Камінь православної віри», московське видання 1728 р. та видання Києво-Печерської Лаври 1730 р.), Феофана Прокоповича («Духовний регламент», СПб, 1776), Іоанна Максимовича («Феатрон нравоучительний» та «Богородице Діво», видані у Чернігові відповідно 1707 та 1708 рр.), Іоасафа Кроковського («Акафіст та житіє св. Варвари», Київ, 1777 р.), Ісайї Копинського («Меч духовний», Чернігів, 1747) та ін.
Максимович, Іоанн. Феатрон нравоучительний. – Чернігів, 1708
Окрасою ніжинської колекції є великоформатне напрестольне Євангеліє (in folio, 46х67 см., вага 17,5 кг.), надруковане у Москві 1689 року. І хоча ця пам’ятка сама по собі вражає розмірами і є справжнім взірцем друкарського мистецтва кінця ХУІІ ст. На відміну від інших відомих примірників цього видання, що зберігаються у фондах державного історико-культурного заповідника «Києво-Печерська Лавра», Національної Бібліотеки України імені В.Вернадського та Чернігівського історичного музею імені В.Тарновського, ніжинський фоліант відрізняє його вишукане художнє оздоблення. Пишні барокові гравійовані рамки, зображення євангелістів, заставки та заголовки титульної та трьох перших сторінок кожного з чотирьох Євангелій розфарбовані у кольорі від руки та визолочені. Обріз книжкового блоку теж багато оздоблений різьбленим рослинним орнаментом та позолотою. Євангеліє було подароване у Ніжинський Благовіщенський монастир 1709 р. рідним братом його засновника митрополита Стефана Яворського Федором Яворським.
Яворський, Стефан. Камінь православної віри. – Друкарня Києво-Печерської Лаври, 1730.
Сьогодні актуальними проблемами наукової діяльності Музею є повна інвентаризація рідкісного фонду, виділення книжкових пам'яток в окрему колекцію, її упорядкування, забезпечення надійного збереження, науково-бібліографічна обробка та введення в науковий обіг.
Номоканон (Кормча книга) - Москва: Друкарський двір, 1653 р.
Могила, Петро (митрополит Київський). Православне сповідання віри.
Московські видання 1696 та 1709 років.
Симеон Полоцький. Псалтир царя Давида. Москва: Верхня друкарня, 1680 р.